Het orgel begon zijn bestaan in de 18e eeuw als twee-klaviers huisorgel zonder pedaal. Het hoofdwerk werd bespeeld vanaf het bovenklavier, een klein nevenwerk van drie stemmen (registers) vanaf het onderklavier. Waarschijnlijk waren de makers de beroemde orgelbouwers Moreau uit Gouda. De Doopsgezinde gemeente kocht het orgel in 1833 voor f.260,- en de orgelmaker Frederik van de Weele plaatste het in de toenmalige Doopsgezinde kerk aan de Hoogstraat te Middelburg. Van de Weele vergrootte het orgel met 2 stemmen en bracht een pedaal aan.
In de loop van de tijd werden diverse min of meer ingrijpende wijzigingen aangebracht door Prenninger en Mennes uit Brigdamme in 1841 en Kam en van der Meulen in 1850, ’54 en ’57. In 1850 kreeg het orgel een nieuwe kas en in 1857 nieuwe klavieren. De laatste grote verandering werd doorgevoerd in 1890. De firma Bakker & Timmenga verhuisde het orgel naar het nieuwe kerkgebouw aan de Lange Noordstraat, bouwde het orgel in de huidige kas, vernieuwde windladen en mechaniek en vergrootte het orgel met 2 registers.
Met al deze veranderingen wilde men een orgelklank volgens de mode van die tijd: meer breedte, minder scherpte. Zo is dit kerkorgel een fraai voorbeeld geworden van het 19e eeuwse , romantische klankideaal met een neo-renaissance uiterlijk. Gelukkig zijn er nog 5 stemmen overgebleven uit het begin: Holpijp 8, Roerfluit 4, Octaaf 2, Holpijp 8 en Fluit 4. Hierdoor wint het orgel aan schoonheid.
Het instrument is in onderhoud bij de firma Nijsse uit Oud-Sabbinge. Nijsse herstelde in 2002 de oude handpomp-installatie in ere en maakte de Bourdon 16 vt op het volledig pedaal bespeelbaar. In 2007 bracht dezelfde firma een pedaalkoppel naar het bovenwerk aan. In 2008 hebben vrijwilligers het orgelfront- eveneens een ontwerp van de architect van de kerk- in een nieuw kleurschema herschilderd. Hierdoor worden de vele, fraaie details van het orgel goed zichtbaar. In 2010 bracht de firma Nijsse een tremulant aan op het bovenwerk.
| Hoofdwerk: | Bovenwerk: | Pedaal: | |||
| Bourdon | 16′(B&T 1890/K1850)* | Gemshoorn | 8′(K 1857) | Bourdon | 16′(tr) |
| Prestant | 8′(B&T 1890) | Viola di Gamba | 8′(K 1850) | ||
| Holpijp | 8′(M 18e eeuw) | Holpijp | 8′(M 18e eeuw) | ||
| Octaaf | 4′(K 1850) | Fluit | 4′(M 18e eeuw) | ||
| Roerfluit | 4′(M 18e eeuw) | Salicionaal | 4′(K 1850) | ||
| Quint | 3′(W 1833) | Woudfluit | 2′(P&M1841) | ||
| Octaaf | 2′(M 18e eeuw) | Eoline | 8′(K 1854) | ||
| Trompet basc./disc | 8′(B&T 1890) | Tremulant |
*) orgelbouwer incl. het jaar van plaatsing. B&T =Bakker en Timmenga; M=Moreau; W=Van der Weele; P&M = Preuninger en Mennes; K= Kam en van der Meulen
| Koppelingen: | Overige gegevens: | ||
| Koppel Hoofdwerk-Bovenwerk | Manuaalomvang: | C-f’’’ | |
| Koppel Pedaal-Hoofdwerk | Pedaalomvang: | C-c’ | |
| Koppel Pedaal-Bovenwerk | Stemming: | Evenredig zwevend | |
| Mechanische tractuur | Toonhoogte: | a’ = 440 Hz |